Se supone que han comparado puestos de trabajo de iguales caracteristicas, y el estudio lo ha hecho el INE, que no ha sido una web tendenciosa.

Yo si que conozco algun caso, que en la enseñanza privada cobra menos que en la púlica, y eso que siempre había pensado que era al contrario.

Pues parece que no han comparado puestos iguales, y eso explica el "relativo". Mirad:
"el mayor peso relativo de asalariados del sector público en niveles de estudios superiores [...] explica su mayor concentración relativa en salarios altos respecto a los asalariados del sector privado".
Es decir: como el sector público concentra más personas con carreras universitarias que el privado, los sueldos del primero son de media más altos que los del segundo.
De todos modos, vuelvo a lo mismo: en años de bonanza, cuando mi sueldo era muuuuuuucho menor que el de los compañeros de mi promoción que trabajaban en la privada, a nadie le preocupaba (francamente, a mí tampoco me amargaba). Ahora es cuando nos acordamos de comparar...
Y sí, tienes razón: en la enseñanza privada siempre se ha ganado menos que en la pública (antes, mucho menos; ahora, algo menos). A cambio, ni se pasan años recorriéndose el mapa o viviendo lejos de la familia, ni compiten en unas oposiciones: muchas veces ser "hijo de" o "sobrina de" bastan como currículum.